ในปี ค.ศ. 1850 มีคริสตังจีนบางครอบครัวมาทำมาหากินอยู่ที่ปากลัด และปากน้ำ คุณพ่อดานิแอล ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ได้มาเยี่ยมและประกาศพระวรสารในหมู่ชาวจีน เหล่านี้ เมื่อเห็นว่ามีผู้กลับใจพอสมควร ท่านจึงได้สร้างวัดน้อยไม้ไผ่ที่ปากลัดก่อนและตั้งใจที่จะเปิดกลุ่มคริสตัง ที่ปากน้ำต่อไป  แต่ท่านเกิดล้มป่วยต้องกลับไปรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศษเสียก่อน

 

      ต่อมาในปี 1874 คุณพ่อซาลาแด็ง ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์  ได้มาเยี่ยมกลุ่มคริสตชนที่ปากลัดและปากน้ำ ที่ปากน้ำนี้เองท่านได้สร้างวัดน้อยด้วยไม้ไผ่แล้วส่งคุณพ่อปลัดมาแพร่ธรรม ต่อ  ตั้งแต่นั้นมาวัดปากน้ำก็เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์

 

      เมื่อคุณพ่อแดซาลล์  เป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ต่อจากคุณพ่อซาลาแด็งในปี 1878 ท่านก็มาเยี่ยมกลุ่มคริสตังที่ปากลัดและปากน้ำ      พร้อมทั้งได้ส่งคุณพ่อปลัดมาดูแลโดยเฉพาะคุณพ่อยวงเฮียง แซ่ลิ้มในต้นปี 1888 คุณพ่อแดซาลล์สามารถซื้อที่ดินสำหรับสร้างวัดใหม่  เป็นที่ดินแปลงใหญ่อยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา บนที่ดินผืนนี้ท่านได้สร้างวัดไม้แทนวัดไม่ไผ่หลังเดิม แบบคล้ายๆกับวัดที่ท่านสร้างไว้ที่ปากลัดเมื่อปี     1880  

 

      นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์เป็นไม้ด้วยเช่นกัน  ท่านถวายวัดนี้แด่ "อารักขเทวดา" ทำพิธีเสกในวันที่ 2  ตุลาคม  1888  โดยพระสังฆราช เวย์ (ท่านเวย์ได้บันทึกในรายงานประจำปีของคณะ  M.E.P. โดยใช้คำว่า "วัดนักบุญราฟาแอล" ทั้งที่ทราบว่าคุณพ่อแดซาลล์ได้ตั้งชื่อวัดนี้ว่า "วัดอารักขเทวดา" ต่อมาปี 1897 ท่านส่งคุณพ่อยวงเฮียงไปสร้างวัดในกลุ่มใหม่ที่ลำไทร ส่วนที่ปากน้ำท่านได้ส่งคุณพ่อปลัดองค์อื่นมาดูแล   แต่ที่สำคัญคือคุณพ่อริชารด์ ซึ่งเป็นปลัดช่วยดูแลวัดปากน้ำและวัดปากลัด และได้ไปเปิดวัดใหม่ที่หัวตะเข้ ในปี 1907 คุณพ่อแดซาลล์และคุณพ่อริชารด์ต้องเดินทางกลับไปประเทศฝรั่งเศสและกรุงโรม เนื่องจากพินัยกรรมของคุณพ่อแก็นตริก

 

      ตั้งแต่ ปี 1907  วัดปากน้ำไม่ได้เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์ชั่วระยะหนึ่ง มีเจ้าอาวาสปกครองคือคุณพ่อเบเชต์ (1907-1911), คุณพ่อชันลิแอร์  (1911-1912) , คุณพ่อเอมมานูแอล (1912-1913)  แล้วจึงกลับไปเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์อีกครั้งหนึ่งตั้งแต่ปี  1914  ถึงปี 1919 โดยคุณพ่อกิยูเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้ส่งปลัดมาดูแล

 

     ในปี 1919วัดกาลหว่าร์กลับเป็นอิสระอีกครั้งโดยไม่ต้องขึ้นกับวัดกาลหว่าร์ มีเจ้าอาวาสเฉพาะคือคุณพ่อดอมินิก (1919-1928) และ คุณพ่อวิกตอร์ (1928-1942)วันที่7สิงหาคม1937พระสังฆราชแปร์รอสมาเยี่ยมวัดปากน้ำ และได้เซ็นชื่อในบัญชีวัดและเปลี่ยนชื่อวัดจาก"อารักขเทวดาเป็น"อัครเทวดา ราฟาแอล"

 

      ต่อ จากคุณพ่อวิกตอร์  วัดปากน้ำก็ขึ้นกับวัดกาลหว่าร์ใหม่ โดยคุณพ่อโอลลิเอร์   และคุณพ่ออาแมสตอย เจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ได้ส่งปลัดมาดูแล  ที่มาเป็นระยะเวลานานมี คุณพ่อศิรินทร์ (1942-1946), คุณพ่อบอนิฟาส (1946-1950)  ตั้งแต่ปี 1950-1955 วัดปากน้ำมีคุณพ่อเลาแรนเตเป็นเจ้าอาวาส  และในที่สุด เมื่อเดือนมีนาคม 1958 วัดปากน้ำก็พ้นจากการเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์โดยสิ้นเชิง    ซึ่งเป็นสมัยที่คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ  เป็นเจ้าอาวาส  (1958-1962)   ท่านได้ขยายวัดให้กว้างกว่าเดิม   พร้อมทั้งส ร้างหอระฆังและได้สั่งระฆัง 3 ใบ สำหรับวัดปากน้ำและพระสังฆราชหลุยส์โชแรงได้เสกเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 1961